公司安排员工休息时扣除工资违法。依据《劳动法》，员工休息日不应扣工资，且加班应支付加班费。若持续违规，将损害员工权益，影响员工工作积极性及企业声誉。
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公司扣休息工资违法。处理方式：1.与公司协商，要求补发工资或调整规定；2.向劳动监察部门投诉，请求介入处理；3.如协商和投诉均无果，可提起劳动仲裁，维护自身权益。
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公司扣休息日工资，员工可要求补偿或提起劳动仲裁。选择方式需根据具体情况，如公司态度、员工损失大小等决定。建议先与公司沟通，无果后再考虑法律途径。